Historia Samus jest kontynuowana po wydarzeniach z Metroid Fusion, kiedy to przybywa ona na planetę ZDR, aby zbadać tajemniczą transmisję wysłaną do Federacji Galaktycznej. Odległa planeta została opanowana przez okrutne obce formy życia i mrożące krew w żyłach mechaniczne groźby. Samus jest bardziej zwinna i sprawniejsza niż kiedykolwiek, ale czy zdoła pokonać nieludzkie zagrożenie czające się w głębi ZDR?
Niegdyś maszyny badawcze pobierające DNA, imponujące E.M.M.I. polują teraz na Samus. Sytuacja jest napięta, kiedy omijasz E.M.M.I., aby uniknąć okrutnej śmierci, jednocześnie znajdując sposób na ich zniszczenie. Dowiedz się, co sprawiło, że te robotyczne cuda stały się plagą ZDR i ocal swoje życie.
Zdobywaj nowe i znajome umiejętności podczas przemierzania wielu środowisk tego niebezpiecznego świata. Śmigaj nad przeszkodami, prześlizguj się przez ciasne przestrzenie, pokonuj wrogów i walcz na całej planecie. Wracaj do obszarów i wykorzystuj nowe umiejętności, aby znaleźć ulepszenia, alternatywne ścieżki i drogę wprzód. Eksploruj rozległą mapę, unikaj i niszcz roboty E.M.M.I. oraz pokonaj grozę nękającą ZDR.