Tryb fabularny składa się z dwunastu rozdziałów. W każdym z nich gracz ma do wyboru jedną lub niekiedy dwie postacie, którymi rozgrywa kolejne cztery lub pięć walk. W przypadkach, kiedy możliwe jest zagranie dwoma wojownikami, to gracz decyduje, którego bohatera użyć w danej walce. Długość trybu fabularnego, wliczając w to przerywniki filmowe i pojedynki, trwa około 8 godzin. Czas ten jest jednak zależny od wybranego poziomu trudności oraz umiejętności gracza.
Nowy, mroczny Raiden postanawia chronić Wymiar Ziemski poprzez zniszczenie wszystkich jego wrogów, czego przykładem jest dekapitacja przegranego, upadłego boga Shinnoka. To inspiruje Kronikę – Tytankę oraz Strażniczkę Czasu – do napisania na nowo całej historii Wszechświata, tak aby Raiden nie istniał i nie pokonał Shinnoka – jej syna.
Główna antagonistka manipuluje podległą jej mistyczną Klepsydrą, wskutek czego powstaje interferencja linii czasu. Do teraźniejszości zostają sprowadzone z przeszłości postacie Liu Kanga, Kunga Lao, Kitany, Skarlet, Scorpiona, Shao Kahna, Kano, Sonyi Blade, Johnnego Cage'a, Jacksona Briggsa, Errona Blacka, Baraki, Jade i Kabala. Na mrocznego Raidena – jako boga piorunów – moce Kroniki działają inaczej. Dematerializuje się on, a przy istnieniu pozostaje tylko jego niezepsuta złymi mocami wersja z przeszłości.
Z Kroniką i jej córką-boginią Cetrion, obiecującymi nowy ład i inne losy Wszechświata w Nowej Erze, sprzymierzają się nowi władcy Czeluści – mroczne wersje Liu Kanga oraz Kitany, Shao Kahn ze swoimi poddanymi, Frost na czele z Cyber Lin Kuei oraz D'Vorah. W opozycji do nich staje Raiden wraz Siłami Specjalnymi, Mistrzem Hanzo Hasashim, Wielkim Mistrzem Sub-Zero, oraz bohaterami przybyłymi z przeszłości – Liu Kangiem, Kitaną, Kungiem Lao i Jade. Dołącza do nich obecny władca Pozaświata, Kotal Kahn.
Siły dobra za wszelką cenę próbują uratować istniejącą rzeczywistość, tocząc nierówną walkę z Kroniką, jedną z najpotężniejszych istot w uniwersum Mortal Kombat.
Źródło opisu: https://pl.wikipedia.org/wiki/Mortal_Kombat_11