Podczas zabawy śledzimy losy młodego króla Evana Pettiwhiskera Tildruma, który został wypędzony ze swojego królestwa. Los sprawia jednak, że do magicznego świata trafia niejaki Roland, który postanawia pomóc władcy odzyskać należyte mu miejsce. Niestety, na bohaterów czekają też inne problemy, gdyż nad miastem Ding Dong Dell zawisły czarne chmury – całemu światu zagraża straszne zło.
Ni no Kuni II: Revenant Kingdom różni się nieco od swojej poprzedniczki. Choć zabawa, jak to w grze jRPG, polega na zwiedzaniu obszernego świata, w którym napotykamy rozmaite postacie, werbujemy nowych członków załogi i podejmujemy się różnych wyzwań, jednak pojawiło się kilka nowości. Jedną z nich jest system tworzenia własnego królestwa. Pozostałe zmiany dotyczą walki, która odbywa się w czasie rzeczywistym, a gracze w dowolnym momencie mogą się przełączać pomiędzy postaciami znajdującymi się w grupie.