Trójwymiarowa taktyczna gra strategiczna z elementami skradanki oraz walką rozgrywaną w systemie turowym. Podczas zabawy w Mutant Year Zero: Road to Eden trafiamy do postapokaliptycznego świata, gdzie kierując grupą mutantów, staramy się odnaleźć mityczny Eden.
Przemierzanie lokacji odbywa się w czasie rzeczywistym. Po zauważeniu wrogów zaczynamy się skradać, by wejść niepostrzeżenie do wrogiej bazy czy zająć odpowiednie pozycje do rozpoczęcia ataku. Gra pozwala na wybór momentu, w którym chcemy przejść do systemu walki turowej i zaatakować przeciwników z zaskoczenia.