W trakcie tych emocjonujących wydarzeń, różne frakcje szukają sposobów na manipulację ludźmi oraz opinią publiczną w temacie ulepszeń, by ukryć prawdę na temat tego, co się wydarzyło.
Gdy społeczny i polityczny chaos sięgają już punktu krytycznego, wyposażony w super ulepszenia antyterrorysta agent Adam Jensen powraca do gry. Wzmocniony o kompletnie nowe ulepszenia które wzmacniają jego potężny arsenał, Jensen odwiedzi mnóstwo nowych miejsc, by odkryć prawdę ukrytą pod płaszczem konspiracji. Wraz z jeszcze większą niż do tej pory liczbą decyzji do podjęcia w DEUS EX: MANKIND DIVIDED, gracz będzie mógł w pełni doświadczyć niezwykłości DEUS EX.